R语言计算GC/AT含量---阿凡亮
大家晚上好,今天给大家介绍一个可以处理FASTA文件的包-Biostrings。这个包主要是处理基因组的一些序列信息,包括:序列翻译、DNA/RNA互转、统计各个碱基的含量、三连字母的含量...…
Annovar用法大揭秘---阿凡亮
An
Annovar用法大揭秘
前言
拿到测序数据,通过GATK等其他分析软件找到突变位点后,我们最想知道的就是这个位点存在于哪个基因?是有义突变还是无义突变…
RNA-seq数据差异表达分析---阿凡亮
分析转录组测序数据时,通常使用p值/q值和foldchange值来衡量基因的差异的表达水平。目前,大家普遍都认为转录组数据的read counts(即基因的reads数量)符合泊松分布。几个用于…
利用GCAT工具做PCA分析---阿凡亮
在PCA(Principal Component Analysis)分析中,常用的工具有EIGENSOFT工具的smartpca,GCTA工具的PCA模块和R包中做PCA分析的princomp函…
箱线图的N种画法---阿凡亮
箱形图(Box-plot)又称为盒须图、盒式图或箱线图,是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在各种领域也经常被使用。
下图中标示了箱线图中每条线和点所表示…
Pandas简单入门 1---阿凡亮
1
写在前面
我是从16年开始学习Python的,在使用Python最开始的一段时间,基本是操作list列表和dict字典两个简单的数据结构,后来接触数据的特征越来越多,…
Python并行计算系列(一)入门篇---阿凡亮
Python是生物信息学应用中的常用编程语言,在2019年11月TIOBE 编程语言排行榜中排名第3,仅次于Java语言、C语言。
“天下武功,唯快不破”——日益增长的生物医学海量数…
linux-两个文件求交集、并集、差集---阿凡亮
问题:
如何得到两个文件的交集、并集和差集?
交集:两个文件中都出现的行
并集:两个文件中的所有行加起来,去掉重复
差集:在一个文件中存在,而在另…
R语言中的apply函数族---阿凡亮
前言
apply函数族是R语言中数据处理的一组核心函数,通过使用apply函数,我们可以实现对数据的循环、分组、过滤、类型控制等操作。但是,由于在R语言中apply函数与其他语言循环…
fasta序列按指定格式输出---阿凡亮
前言:有时在处理fasta文件时,我们需要序列按照规定的格式排列。
很多人应该遇到过需要将序列排列到一行上,或者每行按照规定的bp数显示。我也经常遇到像60bp,70bp的不等长fa…
使用Python进行爬虫的初学者指南---HuangWeiAI
前言
爬虫是一种从网站上抓取大量数据的自动化方法。即使是复制和粘贴你喜欢的网站上的引用或行,也是一种web抓取的形式。大多数网站不允许你保存他们网站上的数据供你使用。因此,唯一的选择…
engineercms陆续引入flv和photowipe,视频和相册---hotqin888
png图片以为已经很小了,可是这里还可以压缩一半以上,厉害。https://tinypng.com/
为了增设一个视频服务模块,新设计了一个视频管理页面,视频播放页面,前者用bootstrap…
使用Golang 封装一个Api框架----请求处理篇---lin_zone
前言:此框架的请求处理主要是依赖于Golang中的net/http包
http.ListenAndServe 方法的使用
实现http简单服务示例:参考文档 ht…
Linux 命令(137)—— strace 命令---Dabelv
1.命令简介
strace 命令是一个集诊断、调试、统计于一体的工具,我们可以使用 strace 对程序的系统调用和信号传递的跟踪结果来对程序进行分析,以达到解决问题或者是了解程序工作过程的目的。…
09. SpringCloud实战项目-初始化项目和添加微服务---Jackson0714
SpringCloud实战项目全套学习教程连载中
PassJava 学习教程简介PassJava-Learning项目是PassJava(佳必过)项目的学习教程。对架构、业务、技术要点进行…