Hic数据分析1.0（juicer +程序中断接着跑）---liu_ll

收到老师分享的一套293细胞的hic数据，我想直接取loop的信息用于我的分析，但是看了一下这个底下的补充材料给了一个相互作用及其打分的文件。我下载下来并且去看了一下如下图：

相互作用矩阵文件

这个没有.hic的处理文件。只能直接下数据去call loop 直接开干。。。。。。。。。。。。。。。。。

juicer 就是按照官网提示，然后加到环境变量里：写好程序

cd /asnas/xuchh_group/liulinli/software/juicer sh scripts/juicer.sh -d /asnas/xuchh_group/liulinli/software/juicer -D /asnas/xuchh_group/liulinli/software/juicer -y /asnas/xuchh_group/liulinli/software/juicer/restriction_sites/hg38_HindIII_HindIII.txt -z /asnas/xuchh_group/liulinli/software/juicer/ref/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa -p /asnas/xuchh_group/liulinli/software/juicer/restriction_sites/hg38.chrom.sizes -S final #注意这一步是我中间断了接着跑 -s HindIII -t 10

hg38_HindIII_HindIII.txt和chrom.size 的文件的生成是由下面命令行跑的

python ../juicer/misc/generate_site_positions.py HindIII hg38_HindIII /asnas/xuchh_group/liulinli/Database/hg38/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa awk 'BEGIN{OFS="t"}{print $1, $NF}' hg38_HindIII_HindIII.txt > hg38.chrom.sizes

生成好了这些之后就直接去运行juicer.sh

ps：我之前有个参数写错了，加-S 后面加程序运行的阶段，就可以接着跑！

Ref: 1：https://github.com/aidenlab/juicer 2：https://www.jianshu.com/p/4784c120b512 3：https://www.jianshu.com/p/661be3870e86

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