circos绘制彩色的links---生信修炼手册

对于links而言，默认情况下所有的links 都是同一种颜色，通过color属性指定。当我们想要构建出彩色的links 时，通常情况下有3种做法:

1. 拆分file

每一个link都有一个file指定的数据，我们可以人为的将原来的file根据条件拆分成多份，每一份对应一个link, 然后为每个link设置不同的颜色，就可以实现彩色的link了。

示例如下：

每个link定义一个文件，对应的color值不同，生成的图片如下

2. 定义rules

拆分数据比较繁琐，一种更加简便的方法是定义rules, 根据不同的规则指定不同的颜色。示例如下

需要理解的就是condition的写法。第一种就是var的用法，var获取指定字段的值，在links中，有以下几种字段

CHRn 表示link 对应的染色体的名字,一个link连接两个区域，第一个区域对应的染色体为chr1, 第二个区域对应的染色体为chr2, condition中对应的写法为var(chr1), var(chr2)STARTn 表示区域的起始位置，第一个区域的起始位置为start1, 第二个区域对应的起始位置为start2, condition中对应的写法为var(start1), var(start2)ENDn 表示区域的终止位置，第一个区域的终止位置为end1, 第二个区域对应的终止位置为end2, condition中对应的写法为var(end1), var(end2)POSn 表示区域的中心点的位置，第一个区域的中心位置为position1, 第二个区域对应的中心位置为position2, condition中对应的写法为var(position1), var(position2)SIZEn 表示区域的长度，第一个区域的长度为size1, 第二个区域对应的长度为size2, condition中对应的写法为var(size1), var(size2)REVn 判断某个区域是否反向，如果起始位置大于终止位置，代表是反向的，返回值为1，否则返回值为0， condition中对应的写法为var(rev1),var(rev2)INV 如果一个link连接的两个区域方向不同，一个正向，一个反向，返回值为1，其他情况返回值为0，condition中对应的写法为var(inv)INTERCHR 如果一个link连接的两个区域位于两条染色体上，返回值为1，其他情况返回值为0，condition中对应的写法为var(interchr)INTRACHR 如果一个link连接的两个区域位于同一条染色体上，返回值为1，其他情况返回值为0，condition中对应的写法为var(intrachr)

var会返回对应的值，从上面可以看出，返回值可以分成以下3类

字符串数字逻辑值

对于字符串，采用perl当中的字符串操作符，示例

condition = var(chr1) eq “hs1”

对于数字，采用数字操作符， 示例

condition = var(size1) > 10mb

对于逻辑值， 可以直接使用，示例

condition = var(intrachr)

除了使用var 之外，还可以使用函数，condition中支持以下函数

confonwithinbetweenfromtotofromfromtochrlen

在links中，支持between的用法， 示例如下

condition = between(hs1, hs2)

rules的示例：

生成的图片如下：

3.在file中添加属性

file文件支持内置属性和自定义属性，所有的属性写在最后一列，多个属性用逗号分隔。

示例如下：

上面的文件中，最后一列包含了color和value两种属性，color是内置属性，value是自定义属性。通过在file中添加不同取值的color属性，可以方便的实现彩色的links。这里主要看下通过value属性的值映射到不用颜色上。

配置文件写法如下：

通过var(value)获取每个link的value 值作为数组的下标，数组由qw定义，数组中的元素为5个不同的颜色，value的取值范围为0-5，正好对应该数组的下标，通过这种方式，将value映射到颜色上；而且在原来颜色的基础上，还通过sprintf函数，为原来的颜色添加_a3后缀，这个后缀代表一定的透明度。

生成的图片如下

根据自己的数据，灵活运用以上3种方法，就可以随心所欲的构建多彩的 links了。

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