circos 中的pattern是做什么用的---生信修炼手册

在官网提供的配置文件示例中，经常会见到pattern这个参数。这个参数的作用和fill_color类似，都用于指定填充的样式，只不过fill_color使用颜色进行填充，pattern则用点和线进行填充。

在hisograms, heatmap，links这3种block 中，可以使用pattern参数，指定填充的样式，用法如下：

pattern = checker

pattern参数的取值范围包括以下9种：

solidhlinehline-sparsevlinevline-sparsecheckerchecker-sparsedotdot-sparse

在软件的安装目录下的etc/patterns.conf中，保存了pattern的配置信息

在tiles目录下，可以找到每种样式对应的图片。根据名字，可以把分成以下5大类别

1. solid2. hlines

hlines :

hlines-sparse :

3. vlines

vlines :

vline-sparse:

4. checker

checkers :

checkers-sparse:

5. dots

dots :

dots-sparse :

solid代表完全填充，hlines代表水平线填充，vlines代表竖线填充，checker代表格子填充，dots代表用点填充；加上sparse后缀，相比不加后缀时，会稀疏一点。

pattern默认的样式都是白底黑字，可以结合color属性来改变其颜色。有以下两种写法：

1. 指定一个具体的颜色

示例

color = red pattern = hlines

此时白色的背景依然不会变，但是默认的黑色的字体会替换成红色

2. 指定替换的模式

示例

color = white:red,black:orange

冒号分隔的两个颜色代表替换的意思，white:red表示将默认的白色背景替换成红色，black:orange代表将黑色替换成橙色。

结合pattern和color, 可以使得填充更加的多元化。看一个例子

对应的配置文件为

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>> <<include ideogram.conf>> <<include ticks.conf>> karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt <image> <<include etc/image.conf>> </image> chromosomes_units = 1000000 chromosomes_display_default = yes <links> <link> file = data/8/15/links.txt ribbon = yes flat = yes radius = 0.95r bezier_radius = 0r crest = 0.2 <rules> <rule> condition = rand() < 0.5 pattern = eval((qw(hline vline checker dot))[rand(4)]) color = black:dblue,white:vlblue z = 10 </rule> <rule> condition = rand() < 0.5 pattern = eval((qw(hline vline checker dot))[rand(4)]) z = 5 </rule> </rules> </link> </links> <<include etc/housekeeping.conf>> ---来自腾讯云社区的---生信修炼手册