PubMeth: 癌症相关的甲基化基因数据库---生信修炼手册

在DNA甲基化与疾病的研究中，最常见的一个问题就是，是否有已经发表的文献表明某个基因在某种疾病中发生了甲基化。回答这样的问题，需要大量的文件检索工作。

PubMeth 收集和整理了文献中与癌症相关的甲基化数据，并进行了人工校对和注释，提供了一个高质量的癌症相关的发生了甲基化基因的数据库。

网址如下

http://www.pubmeth.org/

这个数据库只提供在线检索功能，并不开放下载。在检索时，提供了两种检索方式：

在PubMeth数据库中，共收录了292个人类基因的记录。

http://pubmeth.biobix.be/temp/static/

对于每个基因，有相关的文献和癌症类型信息。以CDKN2A为例，

除了总体分布之外，对于该基因在每种癌症中，还给出了更加具体的信息。比如在肺癌中CDKN2A基因的甲基化信息

http://pubmeth.biobix.be/temp/static/CDKN2A_lung.html

以癌症为关键词进行检索，我尝试了几次，可能是网络原因，都没有成功。

利用这个数据库，可以减轻文献检索的工作量，事先对某个基因或者某种疾病的甲基化研究进行一个调研。